Una nueva versión, llamada Deeper Blue (azul más profundo) jugó de nuevo contra Kaspárov en mayo de 1997, ganando el encuentro a 6 partidas por 3½-2½, lo que lo convirtió en la primera computadora en derrotar a un campeón del mundo vigente, en un encuentro con ritmo de juego de torneo estándar. El encuentro concluyó el 11 de mayo.
El sistema saca su fuerza de juego principalmente en la fuerza bruta que calcula el sistema central. Era una computadora de procesamiento paralelo masivo basada en el RS/6000 con 30 nodos, cada uno con 30 microprocesadores P2SC de 120 MHz, ampliados con 480 procesadores VLSI de uso especial, especializados en ajedrez. Su programa de ajedrez fue escrito en lenguaje C y corrió bajo el sistema operativo AIX. Era capaz de calcular 200 millones de posiciones por segundo, dos veces más rápido que la versión de 1996. En junio de 1997, Deep Blue era el 259º superordenador más poderoso, capaz de calcular 11,38 gigaflops, aunque toda esta potencia no estaba pensada en realidad para jugar al ajedrez.
Críticas
Las principales críticas por parte de Kasparov tienen que ver con las actuaciones de IBM luego del match, especialmente luego de la segunda partida. Kasparov, con las piezas negras, planteó un sacrificio de peón suponiendo que, al igual que la mayoría de los programas de la época, sería aceptado por Deep Blue, lo que le daría la oportunidad de plantear un contraataque. Como Deep Blue no aceptó el sacrificio, Kasparov supuso que la jugada le fue indicada por un operador humano.
Kasparov solicitó luego de la partida los registros escritos de los procesos de Deep Blue, lo que aceptó hacer la IBM luego del encuentro, aunque finalmente no lo hizo. Ante esta situación, Kasparov denunció que el encuentro fue organizado sólo con fines de propaganda y no científicos. Finalmente, Kasparov desafió a la IBM a presentar a Deep Blue en un torneo oficial, pero jamás la pudo vencer.
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